A história do anime se passa em um "Japão feudal futurístico e pós-apocalíptico", onde, aquele que conseguir a bandana simbólica de "Número Um"(o homem mais forte do mundo) , irá comandar o mundo, como um "deus". Alguem se torna o Número Um matando o antigo Número Um e tomando sua bandana. Entretanto, somente aquele que tiver a bandana de "Número Dois" tem direito de desafiar o Número Um.
Quando criança, Afro teve seu pai (que era o Número Um) assassinado bem em sua frente pelo pistoleiro "Justice" que passou a ser o novo Número Um. Agora Adulto, Afro Samurai, é o atual Número Dois, e viaja pelo mundo em busca de vingança,passando por cima de qualquer impecílho pelo actual Número Um que matou seu pai